وتتمثل مهمة المحكمة في استكمال وتعزيز وظائف اللجنة في تعزيز وحماية حقوق الإنسان والشعوب وحرياتهما وواجباتهما في الدول الأعضاء في الاتحاد الأفريقي. ولا يمكن للجنة، كونها هيئة شبه قضائية، أن تقدم توصيات إلا في الوقت الذي تصدر فيه المحكمة قرارات ملزمة.

وتتألف المحكمة من أحد عشر (11) قاضيا، من مواطني الدول الأعضاء في الاتحاد الأفريقي المنتخبين بصفة فردية. وينتخب مؤتمر رؤساء دول وحكومات الاتحاد الأفريقي القضاة لمدة ست سنوات ولا يجوز إعادة انتخابهم إلا مرة واحدة. ولأغراض الاستمرارية، يُخصص للقضاة انتخابهم لمدة سنتين أوأربع أو ست سنوات، وإذا انتخبوا بعد ذلك، تكون فترة ولايتهم الثانية ست سنوات. ويؤدي جميع القضاة، باستثناء الرئيس، مهامهم على أساس عدم التفرغ. وتنعقد المحكمة أربع مرات في السنة في دورات عادية تستمر لمدة أربعة أسابيع لكل منها ويجوز لها عقد دورة خارج مقر المحكمة اذا اقتضت الأمور ذلك.

وللمحكمة اختصاص النظر في جميع القضايا والمنازعات المعروضة عليها فيما يتعلق بتفسير وتطبيق الميثاق وبروتوكول المحكمة وأي صك آخر ذي صلة بحقوق الإنسان تصدق عليه الدول المعنية.

• الاختصاص الاستشاري
  ويجوز للمحكمة، بناء على طلب دولة عضو في الاتحاد الأفريقي أو أي من أجهزة الاتحاد الأفريقي، أو أي منظمة أفريقية يعترف بها الاتحاد الأفريقي، أن تقدم فتوى بشأن أي مسألة قانونية تتعلق بالميثاق أو أي صكوك أخرى ذات صلة بحقوق الإنسان، شريطة ألا يكون موضوع الفتوى مرتبطا بمسألة تنظر فيها اللجنة.
• الولاية القضائية المتنازع عليها
  ويمكن للمحكمة أن تعالج جميع القضايا والمنازعات المعروضة عليها فيما يتعلق بتفسير وتطبيق الميثاق والبروتوكول وأي صك آخر ذي صلة بحقوق الإنسان تصدق عليه الدول المعنية.
• التسويات الودية
  وللمحكمة أيضا اختصاص تشجيع التسوية الودية في القضايا المعروضة عليها وفقا لأحكام الميثاق.

• اللجنة الأفريقية لحقوق الإنسان والشعوب؛
• دولة طرف في بروتوكول المحكمة الذي قُدمت الشكوى ضده إلى اللجنة؛
• دولة طرف في بروتوكول المحكمة يكون مواطنها ضحية لانتهاك حقوق الإنسان؛
• المنظمات الحكومية الدولية الأفريقية؛
• ويجوز للمحكمة أن تسمح للدول الأطراف في بروتوكول المحكمة التي لها مصلحة في قضية ما بالانضمام إلى الإجراءات؛
• ويمكن للمنظمات غير الحكومية ذات الصلة التي تتمتع بمركز المراقب أمام اللجنة، والأفراد رفع قضايا مباشرة أمام المحكمة، إذا كانت الدولة الطرف التي ينحدرون منها قد أصدرت إعلاناً يسمح بمثل هذه الطلبات المباشرة.

واللغات الرسمية للمحكمة هي نفس لغات الاتحاد الأفريقي. وترد اللغات الرسمية للاتحاد الأفريقي في القانون التأسيسي للاتحاد الأفريقي على أنها الإنجليزية والفرنسية والبرتغالية والعربية.

وتقدم القضايا عن طريق البريد أو البريد الإلكتروني أو الفاكس أو البريد السريع إلى رئيس قلم المحكمة، بموجب المادة 25 والمادة 34، في مقر المحكمة، في أروشا، تنزانيا.
ويكون لدى رئيس قلم المحكمة ختم المحكمة وختمها الرسمي للإقرار رسميا باستلام أي قضية مقدمة. يستخدم مصطلح “رئيس قلم المحكمة” هنا في أوسع معانيه: مصطلح التسجيل “المكتب” بدلاً من الشخص أو الموظف. وفي حالة عدم وجود الشخص، سيواصل المكتب عمله.
وعلى الشخص أن يرسل إلى قلم المحكمة طلبا موقعا مكتوبا بإحدى اللغات الرسمية للمحكمة.

بالنسبة للطلبات المقدمة من الأفراد والمنظمات غير الحكومية، يجب أن:
1. الكشف عن هوية مقدم الطلب، حتى في الحالات التي طلب فيها مقدم الطلب عدم الكشف عن هويته؛
2 – الامتثال للقانون التأسيسي للاتحاد الأفريقي والميثاق؛
3. عدم احتواء أي إهانة أو ألفاظ نابية.
4 – عدم الاستناد حصرا إلى الأخبار المنشورة عن طريق وسائط الإعلام؛
5- أن تقدم بعد استنفاد سبل التقاضي المحلي ، إن وجدت، ما لم يكن من الواضح أن هذا الإجراء يطول دون مبرر؛
6 – أن تودع في غضون فترة زمنية معقولة من تاريخ استنفاد سبل التقاضي المحلي أو من التاريخ الذي حددته المحكمة على أنه بدء المهلة الزمنية التي تنظر فيها في المسألة؛
7 – عدم إثارة أي مسألة أو مسائل سبق أن حسمها الطرفان وفقا لمبادئ ميثاق الأمم المتحدة، أو القانون التأسيسي للاتحاد الأفريقي، أو أحكام الميثاق، أو أي صك قانوني للاتحاد الأفريقي.

بالنسبة للطلبات المقدمة من الأفراد والمنظمات غير الحكومية، يجب أن:
1. الكشف عن هوية مقدم الطلب، حتى في الحالات التي طلب فيها مقدم الطلب عدم الكشف عن هويته؛
2 – الامتثال للقانون التأسيسي للاتحاد الأفريقي والميثاق؛
3. عدم احتواء أي إهانة أو ألقاظ نابية.
4 – عدم الاستناد حصرا إلى الأخبار المنشورة عن طريق وسائط الإعلام؛
5- أن تقدم بعد استنفاد سبل التقاضي المحلي ، إن وجدت، ما لم يكن من الواضح أن هذا الإجراء يطول دون مبرر؛
6 – أن تودع في غضون فترة زمنية معقولة من تاريخ استنفاد سبل التقاضي المحلي أو من التاريخ الذي حددته المحكمة على أنه بدء المهلة الزمنية التي تنظر فيها في المسألة؛
7 – عدم إثارة أي مسألة أو مسائل سبق أن حسمها الطرفان وفقا لمبادئ ميثاق الأمم المتحدة، أو القانون التأسيسي للاتحاد الأفريقي، أو أحكام الميثاق، أو أي صك قانوني للاتحاد الأفريقي.

وبالإضافة إلى المتطلبات المذكورة أعلاه، ينبغي أن تشير الطلبات المقدمة من الأفراد والمنظمات غير الحكومية، وهذا ينطبق أيضا على الطلبات المقدمة من كيانات أخرى غير الأفراد والمنظمات غير الحكومية:
1- أسماء وعناوين الأشخاص المعينين كممثل لمقدم الطلب؛
2 – موجز لوقائع القضية والأدلة التي ستقدم؛
3- تفاصيل واضحة عن مقدم الطلب وللطرف أو الأطراف التي قُدم الطلب ضدها؛
4- تحديد الانتهاك المزعوم؛
5- إثبات استنفاد سبل التقاضي المحلي أو التأخير المفرط في سبل التقاضي المحلي هذه؛
6 – الأوامر أو الأحكام المطلوبة؛
7- إذا رغب مقدم الطلب بالنيابة عن نفسه أو نيابة عن الضحية في الحصول على تعويض، ينبغي أن يشمل الطلب طلب الجبر.

تطبق المحكمة أحكام الميثاق وأي صكوك أخرى ذات صلة بحقوق الإنسان تصدق عليها الدول المعنية.

وينص الميثاق على أن مصادر القانون التي تنطبق على رصد تنفيذ الميثاق هي القانون الدولي لحقوق الإنسان والشعوب، ولا سيما من أحكام مختلف الصكوك الأفريقية المتعلقة بحقوق الإنسان والشعوب، وميثاق الأمم المتحدة، وميثاق منظمة الوحدة الأفريقية، الذي أصبح الآن القانون التأسيسي للاتحاد الأفريقي – الإعلان العالمي لحقوق الإنسان، والصكوك الأخرى التي اعتمدتها الأمم المتحدة والبلدان الأفريقية في مجال حقوق الإنسان والشعوب، وكذلك من أحكام مختلف الصكوك المعتمدة داخل الوكالات المتخصصة التابعة للأمم المتحدة التي تضم أطرافا في الميثاق.

عندما ترى المحكمة أن هناك انتهاكا لحقوق الإنسان والشعوب، فإنها ستصدر الأوامر المناسبة لمعالجة الانتهاك، بما في ذلك دفع تعويض عادل أو تعويض مناسب.

وفي الحالات البالغة الخطورة والعاجلة، وعند الضرورة لتجنب إلحاق ضرر لا يمكن إصلاحه بالأشخاص، يمكن للمحكمة أن تعتمد تدابير مؤقتة حسب الاقتضاء.

ومن الأمثلة على الحالة التي تستلزم اتخاذ تدابير مؤقتة عندما يتعين تنفيذ حكم بالإعدام وعدم استنفاد عملية الاستئناف.

تصدر المحكمة حكمها في غضون تسعين (90) يوما من انتهاء مداولاتها.

وحكمها نهائي وغير قابل للاستئناف. ومع ذلك، في ضوء الأدلة الجديدة، التي لم تكن ضمن علم أحد الأطراف وقت صدور الحكم، يجوز للطرف أن يطلب إعادة النظر في الحكم.

ويجب أن يكون هذا الطلب في غضون ستة أشهر بعد أن اكتسب ذلك الطرف معرفة بالأدلة المكتشفة. ويجوز للمحكمة أيضا أن تفسر قرارها.

وعملا بالمادة 2 من البروتوكول، أنشئت المحكمة لاستكمال ولاية اللجنة الحمائية.

ويمكن للجنة الأفريقية أن تقدم قضايا إلى المحكمة لتنظر فيها.

وفي ظروف معينة، يجوز للمحكمة أيضا أن تحيل القضايا إلى اللجنة، ويجوز لها أن تطلب رأي مقدم القضية عند النظر في مقبولية القضية.
وقد اجتمعت المحكمة واللجنة وتحققتا نظاميهما الداخليين، وآلتا إلى إضفاء الطابع المؤسسي على علاقتهما.

تجتمع اللجنة والمحكمة، من حيث نظامهما الداخلي، مرة واحدة على الأقل في السنة، لمناقشة المسائل المتعلقة بعلاقتهما

وحتى الآن، لا تملك المحكمة الأفريقية لحقوق الإنسان والشعوب اختصاصا ً للنظر في جرائم مثل الإبادة الجماعية، والجرائم ضد الإنسانية، وجرائم الحرب، وما إلى ذلك. ولكن هناك مشروع لإنشاء محكمة أفريقية كاملة ذات ولاية قضائية موسعة.
والواقع أن القانون التأسيسي للاتحاد الأفريقي ينص على إنشاء محكمة عدل للاتحاد الأفريقي بوصفها جهازا قضائيا رئيسيا للاتحاد الأفريقي لتسوية المنازعات المتعلقة بتفسير معاهدات الاتحاد الأفريقي. واعتُمد بروتوكول لإنشاء هذه المحكمة في مابوتو، موزامبيق، في يوليه 2003 ودخل حيز النفاذ في 11 فبراير 2009. غير أن المحكمة لم تعمل قط لأن مؤتمر الاتحاد الأفريقي قرر دمجها مع المحكمة الأفريقية لحقوق الإنسان والشعوب لتشكيل محكمة العدل وحقوق الإنسان الأفريقية. وكان وراء هذا القرار القلق إزاء العدد المتزايد من مؤسسات الاتحاد الأفريقي، التي لا يستطيع الاتحاد الأفريقي دعمها.
ولذلك، تم دمج بروتوكول محكمة العدل مع بروتوكول الميثاق الأفريقي لحقوق الإنسان والشعوب بشأن إنشاء محكمة أفريقية لحقوق الإنسان والشعوب، لإنشاء النظام الأساسي لمحكمة العدل وحقوق الإنسان الأفريقية. وقد تم اعتماد هذا الأخير في شرم الشيخ، مصر، خلال القمة الحادية عشرة للاتحاد الأفريقي للمؤتمر في يوليه 2008. وحتى مايو 2012، لم تصدق على البروتوكول سوى ثلاث دول أعضاء في الاتحاد الأفريقي هي بوركينا فاسو وليبيا ومالي.
وفي غضون ذلك، طلب مؤتمر رؤساء دول وحكومات الاتحاد الأفريقي في فبراير 2009 إلى مفوضية الاتحاد الأفريقي،”بالتشاور مع اللجنة الأفريقية لحقوق الإنسان والشعوب والمحكمة الأفريقية لحقوق الإنسان والشعوب، تقييم الآثار المترتبة على توسيع نطاق اختصاص المحكمة للنظر في الجرائم الدولية مثل الإبادة الجماعية والجرائم ضد الإنسانية وجرائم الحرب. وفي هذا الصدد، أُبِدِت دراسة، ويجري حالياً النظر في مشروع بروتوكول لإنشاء محكمة أفريقية للعدل وحقوق الإنسان ذات ولاية قضائية موسعة من جانب أجهزة السياسات التابعة للاتحاد الأفريقي.