Um processo inicia quando é interposta uma petição junto ao Tribunal. Todas as informações sobre como redigir uma petição podem ser encontradas em “Como apresentar um processo”. A petição é recebida no Cartório e o Escrivão verifica se todos os documentos necessários foram enviados.

Logo que o Escrivão tenha-se certificado de que todos os documentos necessários foram enviados, estes são transmitidos ao Estado Demandado.

No caso de ainda haver documentos ou provas em faltam, o Escrivão solicita ao Peticionário para fornecer as informações em falta.
O Estado Demandado é então concedido sessenta (60) dias para apresentar a sua contestação. Caso o Estado Demandado apresente uma contestação, esta é então transmitida ao Peticionário para este, no prazo de trinta (30) dias, apresentar a sua réplica.

O Tribunal pode, por iniciativa própria ou a pedido de uma das partes, decidir realizar audiências públicas. O Tribunal profere o seu acórdão depois de deliberar sobre o processo. Após a prolação do acórdão, uma cópia autenticada do mesmo é transmitida às partes, aos Estados Membros da União Africana e à Comissão de Banjul. Uma vez notificadas as partes, a Comissão da UA e os Estados Membros da decisão, o Estado Demandado deve apresentar relatórios periódicos ao Tribunal sobre a execução do acórdão, se for o caso, dentro dos prazos estipulados na parte dispositiva do acórdão.

Os Peticionários também são incentivados a apresentar as suas observações sobre a execução dos acórdãos. Para efeitos de execução do acórdão, as partes podem solicitar ao Tribunal a interpretação de elementos específicos contidos na parte dispositiva do acórdão.

No entanto, cabe ao Tribunal decidir se irá ou não dar provimento ao pedido. Caso as partes descubram nova prova também podem apresentar um requerimento a solicitar a reapreciação de um processo. No entanto, o Tribunal só irá considerar o requerimento em caso de descoberta de uma prova que não estava disponível na altura em teve lugar a pronúncia do acórdão e tal requerimento deve ser apresentado dentro de seis (6) meses após a descoberta da nova prova.